Dois anos e meio se passaram após a partida de Uzumaki Naruto e Jiraiya da vila de Konoha, para um treinamento a parte com Naruto. Logo ao voltar à vila os primeiros a encontrá-lo foram Sakura e Konohamaru. Agora Naruto e seus amigos não tem apenas que se preocupar com o resgate de Sasuke, mas também com uma organização chamada Akatsuki, que está atrás dos Jinchuurikis (ninjas que carregam um Bijuu em seus corpos), junto a isso inumeros outros acontecimentos ocorrem ao longo da série.